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关于“Lammps分子动力学”核心技术专项培训（12月）

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作者：会务处来源：北京盛世元鸿职业技能教培中心

关于“Lammps分子动力学”核心技术专项课程

           —通 知

LAMMPS分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；目前，分子动力学模拟能在很大程度上进行预测指导实验，因此模拟与实验的对照是将来研究的主要方向之一。分子动力学模拟作为一种理想的计算机模拟方法，可以用来模拟两相之间的相互作用，也是对计算和实验的补充

分子动力学培训班可以为广大LAMMPS相关研究人员提供一个良好学习平台，在较短的时间内对分子动力学理论以及LAMMPS使用的基础知识进行更有效的掌握，为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。　　本期由“北京盛世元鸿职业技能教培中心”主办（www.shengshiyuanhong.com.cn）特邀Lammps研发领域一线专家主讲本期“分子动力学Lammps培训”将于2020年12月5日-12月7日，在线上以线上直播方式与各界人士进行教学交流！

欢迎从事化学、化工、材料、物理、生物、计算机、医药等领域相关人员积极报名参加！具体事宜如下：   

     

一、时间地点：   2020年12月5日—2020年12月7日   （腾讯会议直播）授课三天


二、培训目标：

本次学习本着“理论实践并重、学以致用”的目的，采用深入浅出的方法，先从分子动力学模拟的基本原理出发, 结合简单案例引导学员入门，通过实例参考了解解决实际问题的途径与软件操作，随后紧密结合应用实例, 针对模拟中存在的疑难问题进行分析讲解和专题讨论，有效提升学员解决复杂模拟建模与分析的能力, 从而更好地满足学员不同方面的科研需求。


三、主讲专家：

中国科学院、清华大学等科院研所的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事该领域的重大项目研究工作，具有资深的技术底蕴和专业背景。运用lammps所做的科研工作已发表在ACS Macro Letters，Carbon，Scientific Reports，Computational Materials Science等国际学术期刊。


四、参会对象：

全国各省市从事化学、化工、材料、物理、生物、计算机、医药等领域相关的企事业单位技术骨干、科研院所研究人员、高校和大专院校相关专业教学人员及在校本科生、研究生、工程师等相关人员。希望运用分子动力学模拟研究的从业者。


　　    　课 　程 　大　 纲


时间

大章节

小章节










第一天



一、MD模拟的基本

逻辑思路、




二、Lammps软件学习框架、




三、Lammps研究的几方面重要资源

1、linux系统简介，常用基础命令操作讲解


2、分子模拟的发展历史、分子模拟的优势和局限


3、分子模拟的基本框架：建模（前处理）、采样（模拟）、分析（后处理）


4、基本动力学方程：分子动力学的基本假设和理论框架


5、数值算法：分子动力学常用的数值算法及选择它们的理由


6、运动方程/边界/截断/长程作用/系综/控温控压等一系列基本概念介绍


7、力场（经验势函数）：如何针对不同系统选用不同的势函数，此部分为分子动力学的核心。同时还会介绍一点MD的GPU计算相关内容


8、模拟-理论-实验三者之间的关系及其在lammps模拟中的体现和模拟注意事项


四、In文件的基本逻辑框架、基本命令

1、用 LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt问题的分子动力学模拟


2、了解in文件的基本结构及其逻辑安排


3、学习最常用的lammps命令，包括有序结构初始构型的建立方法、时间步长的设置、构型的输出


4、通过ovito、VMD可视化软件来看动画做图片以及结构分析等







第二天

五、Lammps建模

1、学习data文件的结构以及编写方法和注意事项


2、学习有序晶体结构的建模方法


3、学习用VMD、packmol、Moltemplate、MS软件、topotool命令来建立涉及

水、碳管、石墨烯、高分子链、复合系统等无序体系的初始构型，并导出lammps能用的data文件的方法


4、通过具体的练习，亲自操作，加深学员对于这些软件、方法的掌握。


六、用Lammps模拟具体物理问题（应用中存在的问题）

1、用 LAMMPS操作完成 crack、shear、flow、friction等问题的分子动力学模拟，并将结果利用VMD、OVITO软件进行可视化


2、学员在此阶段可进一步学习LAMMPS in文件的编写及可视化软件VMD的使用，制作精美图片、动画


3、通过练习，学员亲自上机实践，加深对lammps关键命令的理解；了解关键命令应用中的一些注意事项。模拟中出现错误后的调试思路；分阶段模拟复杂物理问题的技术方法；








第三天

七、用Lammps输出研究所需要的数据信息

1、利用LAMMPS完成melt, crack问题的研究，并分析模拟所得结果


2、运用lammps对系统施加不同力学载荷、模拟磁场、电场以及控温、控压等操作的实现；结构优化、动力学优化的设置


3、学习用lammps输出分析所需要的系统不同层次的信息的方法；进一步讲解VMD、OVITO在模拟结果分析中的作用


4、进一步学习金属体系、高分子体系、水分子团、reaxff化学反应等的模拟设置；Lammps模拟中各种变量的设置；


5、通过具体的练习加深对lammps施加不同载荷的命令的理解。


八、大量实例（已发表文章）赏析

1、大量全原子分子动力学模拟、粗粒化分子动力学模拟实例讲解


2、通过多个实例的演示学习，加强学员对lammps模拟中数值模型的建立、主要文件的编写、系统平衡、时间步长选择、出错调试、多命令组合实现复杂功能等等一系列重要问题的认识


3、基于GPU的MD计算软件HOOMD介绍，与lammps的异同。



九、辅助课程

1、详针对性解决学员疑难问题进行答疑讨论

2、搭建长期学习平台及技术指导（建立微群交流）



五、参会费用

统一收费：3900元/人（含培训费、证书费、资料费、指导费、发票费等）费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；如需开具培训费的单位请联系会务人员要培训通知；

六、专项优惠政策（两项费用优惠不可同时享用）

（1）参加线上课程，后期本人可无限次数参加线上或线下培训，学会为止。

（2）11月30日之前报名缴费，每人优惠100元

（3）3人及以上团报每人优惠200元

（4）5人及以上团报可赠送一个免费名额

七、颁发证书

中国管理科学研究院颁发《Lammps 分子动力学》专业技能证书。注：该证书可作为有关单位专业技术人员能力评价、以及求职应聘和从业人员加薪、晋升、考核等任职的重要依据。申报资料：请准备两寸蓝底照片、身份证及学历证明（学生证、毕业证、学位证都可）电子版即可。

八、报名方式       

联系人：刘老师             18311050656（同微信）

　　邮箱：1549935216@qq.com    　   座机：010-53350015

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